La historia más reciente de la gestión de áreas protegidas en la provincia de Pinar del Río data de 1963, cuando la Resolución 412 del entonces Instituto Nacional de la Reforma Agraria (INRA) decretó la creación de dos espacios naturales en la Península de Guanahacabibes como Reservaciones naturales: El Veral y Cabo Corrientes, las que en total sumaban 11 500 hectáreas que como ecosistemas contemplaban básicamente bosques sobre carso llano, aunque también importantes sectores de manglares, maniguas costeras, pantanos y ciénagas litorales, playas, entre otros. Tales áreas fueron tratadas como Reservas naturales.

Otros espacios del territorio que abarcaba la provincia Pinar del Río, a pesar de que no fueron oficializados bajo algún cuerpo legal específico, se trataron y apoyaron para mantener elementos de la diversidad natural más relevante, siendo destacada la gestión de la estructura provincial de la entonces, Comisión Nacional de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Comarna)

El Comité Cubano del Programa Hombre y Biosfera de la Unesco, posibilitó que La Sierra del Rosario, primero (1985), y Península de Guanahacabibes, después (1987) se declararan como Reservas de la Biosfera, que aunque no constituía una categoría de manejo de área protegida, su implementación fortalecía la conservación, además de la investigación y el uso sostenible.

Con la creación del Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente, y fortalecido por la primera estructura de su Unidad de Medio Ambiente en Pinar del Río, se promueve lo que hoy se reconoce como primera aproximación legal territorial para declarar un Sistema Provincial de Áreas Protegidas, hecho que tuvo lugar en 1997, decretaba el reconocimiento 36 áreas protegidas que cubrían una extensión aproximada de 320 700 hectáreas. Tal situación representaba un positivo paso al reconocerse, aplicando el principio precautorio, que amplios espacios de la más occidental de las provincias cubanas, aunque en algunos casos con carencia de toda la información necesaria, requerían de acciones prioritarias para el mantenimiento de su diversidad natural, enfatizando en la conservación para el manejo planificado sobre bases científicas.

En el presente, se potencia una gestión que ya cuenta no solo con historia sino con tradición de eficacia en el mantenimiento de ecosistemas relevantes que atesoran valores destacados del patrimonio natural y socio-cultural nacional.

Con el paso del tiempo, aquellas áreas ya incluidas en la primera declaración del Consejo de la Administración Provincial que estaban más documentadas fueron propuestas para su declaración como áreas de significación nacional; de hecho, lo eran además, por su relevante biodiversidad y estado de conservación en términos generales. Así en esta etapa, fueron aprobados legalmente los parques nacionales Guanahacabibes y Viñales, hecho reconocido a partir del año 2001 por el Acuerdo 4262/2001 del Comité Ejecutivo del Consejo de Ministros. Más adelante, promovido y aprobado, el Parque Nacional Cayos de San Felipe, en el 2010, también por Acuerdo del Comité Ejecutivo del Consejo de Ministros (No. 6871/2010).

En el año 2011, se aplicó la última división político-administrativa del país, en la que se le restaron tres municipios de su anterior extensión territorial, quedando conformado el sistema de áreas protegidas de Pinar del Río, por 27 áreas, la mayoría en la categoría de Reserva Florística Manejada; sin embargo, las que se encuentran en categoría de Parque Nacional, tres áreas, cubren en conjunto la mayor extensión del sistema con 93 879 hectáreas, 32,4 por ciento del total.