Dentro de las propiedades de José Manuel Cortina se encontraba esta cueva, con una historia que abarca desde la presencia aborigen hasta la visita de personalidades como Cirilo Villaverde. La Cueva debe su nombre a dos naves de forma ojival de una gran catedral gótica; pasando por debajo de la primera el cristalino río de Caiguanabo. En 1940, se inicia el acondicionamiento de esta espelunca y de la caverna vecina, Los Espejos, fabricándose aceras, rampas, rejas, pasamanos y un puente para cruzar el río, con el propósito de convertirlas en zonas de disfrute. En 1959 en visita efectuada por el Comandante en Jefe Fidel Castro Ruz acompañado de Celia Sánchez y Antonio Núñez Jiménez, surgió la idea de convertir a la cueva de Los Portales, en lugar de uso público para la recreación del pueblo cercano.
Durante los treinta y dos días de la Crisis de Octubre en 1962 el Comandante Ernesto Guevara de la Serna estableció allí la comandancia del ejército y aún permanece en el lugar, la construcción de mampostería que fuera su local de trabajo. La caverna fue declarada como “Monumento Nacional” el 25 de Junio de 1978 y se encuentra dentro de las instalaciones del campismo popular del propio nombre.